La Biblioteca nazionale ceca (600.000 volumi) che ha sede a Praga nel complesso rococò del "Clementinum", ha riportato gravi danni in seguito allo straripamento della Moldava avvenuto in agosto. Mentre le pompe idrovore lavoravano a pieno ritmo, il direttore Voitech Balik ha dichiarato che i fondi librari non sono stati colpiti perché spostati in tempo ai piani superiori; sono invece andati fuori uso gli impianti elettrici, le centraline telefoniche e la rete informatica. Nella vicina biblioteca civica, di impianto moderno, sono andate distrutte le sale di lettura.
La direttrice della Biblioteca nazionale centrale di Firenze, in un'intervista rilasciata a "La Repubblica" il 15 agosto, ha dichiarato di essere pronta ad inviare, nelle biblioteche colpite, personale tecnico dotato di conoscenze maturate in seguito all'alluvione di Firenze del novembre 1966. Infine, il 23 agosto l'UNESCO ha lanciato un appello alla comunità internazionale affinché si mobiliti per salvare il patrimonio artistico, librario e archivistico danneggiato dalle inondazioni in Austria, Repubblica Ceca, Germania, Ungheria e Slovacchia.