- Benedetto Bacchini: dal 1697 al 1700
- Lodovico Antonio Muratori: dal 1700 al 1750
- Francesco Vandelli: dal 1750 al 1756
- Francesco Antonio Zaccaria: dal 1756 al 1767
- Giovanni Granelli: dal 1767 al 1770
- Girolamo Tiraboschi: dal 1770 al 1794
- Pompilio Pozzetti: dal 1794 al 1803
- Carlo Ciocchi: dal 1803 al 1807
- Antonio Lombardi: dal 1807 al 1847 (nel 1807 con Paolo Beza e nel 1808 con Giuseppe Baraldi)
- Celestino Cavedoni: dal 1847 al 1865
- Luigi Carbonieri: dal 1867 al 1882
- Carlo Gemelli: dal 1883 al 1886
- Luigi Rossi: dal 1886 al 1889
- Francesco Carta: dal 1890 (o 1891) al 1892
- Giuliano Bonazzi (reggente): nel 1893
- Carlo Frati: dal 1893 al 1896
- Michele Carlo Caputo: dal 1896 al 1904
- Francesco Carta: da novembre 1904 ad aprile 1910
- Giuseppe Fumagalli: da aprile 1910 al 1913
- Domenico Fava: dal 1913 al 1933
- Ester Pastorello: dal 1933 al 1934
- Paolo Nalli: dal 1934 al 1938
- Tomaso Gnoli: dal 1938 al 1941
- Guido Stendardo: dal 1941 al 1949
- Emma Coen Pirani: dal 1949 al 1954
- Angela Zanini: dal 1955 al 1956
- Ernesto Giangrasso: dal 1956 al 1957
- Pietro Puliatti: dal 1957 al 1973
- Ernesto Milano (reggente): nel 1973
- Gian Albino Ravalli Modoni: dal 1973 al 1976
Tratto in parte da: Archivi di biblioteche: per la storia delle biblioteche pubbliche statali, Roma: Ed. di storia e letteratura, 2002, p. 114-116.