- Marcantonio Vogli: dal 1801 al 1811
- Pietro Landi: dal 1811 al 1817
- Pietro Landi e Giovanni Cingari: dal 1817 al 1823
- Giovanni Cingari: dal 1823 al 1829
- Pietro Bortolotti (reggente): dal 1829 al 1831
- Raffaele Tognetti: dal 1831 al 1833
- Pietro Bortolotti (reggente): dal 1833 al 1847
- Giovanni Marchetti: dal 1847 al 1852
- Pietro Bortolotti (reggente): dal 1852 al 1856
- Camillo Belletti (reggente): dal 1857 al 1858
- Luigi Frati: dal 1858 al 1902
- Vincenzo Mattarozzi (reggente): dal 1902 al 1903
- Gaspare Ungarelli (reggente): dal 1903 al 1904
- Albano Sorbelli: dal 1904 al 1943
- Lodovico Barbieri: dal 1943 al 1944
- Alberto Serra Zanetti: dal 1944 (fino al 1956 come reggente) al 1960
- Gino Nenzioni: dal 1960 (fino al 1962 come reggente) al 1980
- Franco Bergonzoni (reggente): dal 1980 al 1986
- Valerio Montanari (reggente): dal 1986 al 1992
- Paolo Messina: dal 1992 al 1998
- Pierangelo Bellettini: dal 1998 al 2018
Fonte: Cronologia dei direttori, in: Biblioteca comunale dell'Archiginnasio, Bologna, a cura di Pierangelo Bellettini, [Fiesole]: Nardini, 2001, p. 49.