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AIB-WEB. ContributiAIB-WEB. Contributidi Caterina Barazia
Cos'è PubMed?
Cosa contiene?
Cos'è una banca dati bibliografica?
La citazione bibliografica: come si legge
La ricerca in una banca dati
La struttura dei record bibliografici
La homepage di PubMed
Come si presentano i risultati di ricerca in PubMed?
PubMed: la ricerca libera
PubMed: la ricerca per campi
Casi notevoli di ricerca per campi in PubMed
Chiavi di ricerca per soggetto in PubMed: il MeSH database
La ricerca con il MeSH database
Ulteriori servizi PubMed di supporto alla ricerca nella banca dati
Risorse disponibili on line collegate all'uso di PubMed
Questa pagina è stata creata per introdurre all'uso della banca dati PubMed coloro che si interessano di ricerca scientifica ma che non sono esperti nel recupero dell'informazione, con l'intenzione di fornire loro un agile e breve metodo di lavoro che possa essere consultato e utilizzato come traccia durante le prime ricerche in banca dati.
Oltre alle informazioni generali su PubMed e sui suoi contenuti, si è dedicata particolare attenzione alla presentazione della forma delle citazioni bibliografiche e all'ottimizzazione delle strategie di ricerca per recuperare con pertinenza e rapidità l'informazione documentaria desiderata: la maggior parte delle tecniche base, infatti, è simile nelle varie banche dati e quanto esemplificato per PubMed può spesso valere in molti altri contesti. Il lettore si accorgerà che le tecniche e le strategie presentate possono essere facilmente applicate altrove, con piccole variazioni di forma o uso di sintassi equivalenti; l'esercizio su PubMed, che si presenta come un ottimo strumento di lavoro, permette di migliorare i risultati delle ricerche condotte su altri strumenti di recupero dell'informazione bibliografica.
A conclusione del documento si è ritenuto utile aggiungere una breve sezione contenente una selezione commentata di valide risorse accessibili gratuitamente on line, direttamente legate all'utilizzo di PubMed (guide) oppure utili come supporto alla ricerca documentaria scientifica, in particolare biomedica.
PubMed è una banca dati biomedica accessibile gratuitamente on line, sviluppata dal National Center for Biotechnology Information (NCBI) presso la National Library of Medicine (NLM).
PubMed contiene circa 15 milioni di citazioni di articoli scientifici, di ambito biomedico o di scienze affini, dagli anni '50 del Novecento ad oggi. Le citazioni provengono
da MEDLINE (la prima banca dati della NLM, contenente oltre 11 milioni di citazioni esclusivamente biomediche provenienti da 4600 riviste circa) e da altre banche dati dedicate alle scienze della vita; gli abstracts, disponibili dal 1975, sono presenti per il 76% degli articoli.
Grazie al software Entrez, PubMed permette l'accesso ad articoli a testo pieno disponibili gratuitamente on line. Le riviste indicizzate sono circa 1/6 dell'intera produzione mondiale in ambito biomedico, anche se provengono principalmente dall'area statunitense (40%) e sono per lo più pubblicate in lingua inglese (88%).
Una banca dati bibliografica (base (di) dati, archivio bibliografico) è un archivio elettronico di riferimenti bibliografici interrogabile in modo dinamico; a causa dell'alto costo di mantenimento, la maggior parte delle banche dati è consultabile solo a pagamento: PubMed costituisce un'importante eccezione.
Una banca dati contiene esclusivamente citazioni di articoli, spesso provvisti di abstracts; l'applicazione di software specifici consente la fruizione di altri servizi di supporto, quali il collegamento alla versione full text degli articoli o la loro localizzazione.
Rispetto ad una ricerca condotta su un generico motore o sfogliando gli indici cartacei di riviste, una banca dati offre numerosi vantaggi nella qualità e nella quantità dei risultati ottenibili. Il valore scientifico delle informazioni è garantito dalla selezione umana dei contenuti condotta da qualificati comitati scientifici.
La conoscenza delle banche dati e l'ottimizzazione delle strategie per il recupero dell'informazione consentono di migliorare il livello qualitativo delle nostre ricerche!
Un riferimento bibliografico, riportato in sedi diverse, può presentarsi leggermente differente sia per l'ordine e la forma degli elementi di cui si compone, sia per livello di dettaglio delle informazioni contenute; alcuni dati essenziali per la sua identificazione sono comunque sempre riconoscibili. Si veda l'esempio:
Quando si effettua una ricerca in una banca dati di solito si ha in mente un argomento oppure una o più parole chiave che si presume compaiano nei risultati; istintivamente la traccia viene trasferita nella maschera di ricerca con termini ricavati dal linguaggio naturale, tradotti nella lingua impiegata nella base dati (quasi sempre l'inglese), ma spesso il risultato è insoddisfacente per svariati motivi:
- non si hanno risposte, o si hanno in numero insufficiente;
- si hanno troppe risposte, fra le quali è impossibile scegliere ciò che interessa realmente (information overload);
- le risposte non sono pertinenti alla ricerca.
Per ovviare a questi inconvenienti è importante conoscere come i riferimenti bibliografici vengono immessi nelle banche dati e in che modo vengono recuperati in fase di ricerca.
Una banca dati è composta di record, organizzati in campi; ogni record corrisponde a un riferimento bibliografico. Riprendendo l'esempio di citazione precedente:
PubMed è accessibile al seguente indirizzo: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi>. Sulla homepage si trovano tutti i collegamenti utili:
Avviando una ricerca in PubMed viene mostrata una lista con i riferimenti bibliografici, in forma di semplici citazioni elencate in ordine cronologico di immissione nella banca dati (entrez date) con in testa i dati più recenti. Accanto ad ogni citazione compare un’icona che segnala la presenza/assenza dell’abstract e/o del full text:
- foglietto vuoto: citazione priva di abstract;
- foglietto scritto: citazione con abstract;
- foglietto evidenziato in arancio e verde: citazione con full text disponibile nell'archivio centrale di PubMed;
- foglietto evidenziato in verde: citazione con link al sito dell’editore, che offre gratuitamente il full text.
Cliccando sui nomi degli autori di un articolo o sul foglietto giallo a sinistra, si attiva il collegamento alla scheda bibliografica dettagliata; selezionando preventivamente solo alcuni risultati e attivando il comando display, si visualizzano in dettaglio più record.
Le citazioni vengono presentate di default in formato summary, che riporta tutti i nomi degli autori e degli enti, il titolo dell’articolo in inglese, i dati bibliografici (source), il tipo di pubblicazione, la segnalazione della lingua in cui è scritto l’articolo (se diversa dall’inglese), l’indicazione "no abstract available", se mancante; la citazione è completata con altri dati sul suo status, collegamenti (links) ad altre risorse e a related articles, cioé articoli con i quali esiste una relazione di contenuto.
Dalla pagina dei risultati è possibile scegliere altri formati di visualizzazione: i più utili sono l'abstract format (contenente l'abstract, se disponibile) o il citation format (contenente l'abstract, i termini controllati usati per indicizzare l'articolo, il nome chimico delle sostanze citate, l’eventuale numero di brevetto, o grant n.).
È possibile variare il numero di citazioni mostrate per pagina (di default 20) intervenendo sul menu e sul bottone "show"; per muoversi fra le pagine si possono utilizzare i rinvii "previous" e "next" in fondo alla pagina, oppure agire sul menu e sul bottone "page".
Per ordinare diversamente i risultati (per autore, titolo del periodico o data di pubblicazione) si deve agire sul menu in centro alla pagina e sul bottone "display".
Sotto la maschera di ricerca c’è una barra con alcuni comandi per raffinare la ricerca o ricavare informazioni aggiuntive.
La maschera di ricerca presente sulla home page di PubMed consente di inserire liberamente termini, che vengono cercati in tutti i campi (all fields); per evitare gli inconvenienti a cui si è accennato, è comunque preferibile inserire termini controllati, desunti dal tesauro, o specificando il campo a cui limitare la ricerca.
Prima di imparare ad impostare la ricerca inserendo temini controllati, vengono mostrate alcune funzioni, comuni a tutte le basi dati, che consentono di velocizzare la procedura di ricerca o combinare logicamente i termini immessi.
Stopwords: si tratta di articoli, preposizioni, congiunzioni, avverbi molto diffusi, insignificanti ai fini della ricerca e che quindi vengono automaticamente ignorati; la loro trascrizione è quindi superflua e si possono omettere. Una lista completa delle stopwords ignorate nella ricerca in PubMed è disponibile all'indirizzo: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html#Stopwords>.
Troncamento: i termini da ricercare possono essere troncati con un simbolo, che in PubMed corrisponde all'asterisco (*); in questo modo vengono ricercate tutte le varianti che iniziano con la stessa radice.
Operatori booleani: si tratta di operatori logici che possono essere utilizzati per stabilire una particolare relazione tra i termini da ricercare; quelli utilizzabili in PubMed sono i tre più noti: AND, OR, NOT, da scriversi in maiuscolo tra i due termini posti in relazione.
Esempi:
- digestive system AND liver: i documenti contengono contemporaneamente digestive system e liver;
- digestive system OR liver: i documenti contengono o digestive system, o liver, oppure entrambi;
- digestive system NOT liver: i documenti contengono solo digestive system, escludendo quelli in cui è presente anche liver.
La ricerca in cui i termini sono combinati con l'operatore OR produce un maggior numero di risultati rispetto alla stessa ricerca impostata con NOT. L'operatore AND, invece, restringe ulteriormente la ricerca.
Uso di parentesi: nelle ricerche più articolate, in cui vengono combinati diversi termini, è possibile utilizzare le parentesi per stabilire un ordine di priorità nella lettura della stringa di ricerca: in assenza di parentesi, infatti, il sistema legge sequenzialmente, da sinistra a destra.
Esempio:
- (digestive system AND liver) NOT (biliary tract OR pancreas): i documenti contengono contemporaneamente digestive system e liver, ma all'interno di questi restano esclusi quelli che contengono o biliary tract, o pancreas. Se non fossero state aggiunte le parentesi, i documenti recuperati avrebbero contenuto contemporaneamente digestive system e liver, con l'esclusione di quelli contenenti anche biliary tract, oppure avrebbero contenuto pancreas: un termine non voluto (pancreas), senza l'uso di parentesi sarebbe stato incluso nei risultati.
Limiti: Sulla homepage di PubMed, nella barra orizzontale posta sotto la maschera di ricerca, è possibile utilizzare lo strumento "Limits" per delimitare la ricerca. Entrati nella funzione, diversi menu a tendina e bottoni selezionabili permettono di scegliere: uno specifico campo nel quale limitare la ricerca; il tipo di pubblicazione; l'età del gruppo oggetto di uno studio; la data di ingresso delle citazioni nell’archivio; la data di pubblicazione degli articoli; i soli record provvisti di abstract; la lingua; il gruppo uomo/animale; un tipo specifico di record (subset); il sesso.
-->Per selezionare più voci contemporaneamente da un medesimo menu, tenere premuto il tasto alt.
I limiti impostati vengono mantenuti in memoria nelle ricerche successive: per disattivarli è sufficiente togliere la spunta dalla voce "Limits" sotto la maschera di ricerca.
Attraverso il menu a tendina ed il bottone "send to", inoltre, sono possibili diverse azioni: salvare su file nel formato scelto; stampare in formato .txt (selezionando il numero di voci per pagina desiderato); inviare alla propria e-mail il risultato della ricerca.
L'immissione di un termine non qualificato nella maschera dà l'avvio ad una ricerca in tutti i campi (all fields), con l'inconveniente di ottenere una risposta nulla oppure quantitativamente eccessiva e piena di rumore (cioé contetente molti records non pertinenti): supponendo di voler cercare articoli scritti dal dottor Liver, inserendo "liver" nella maschera di ricerca si otterranno fra i risultati record di articoli scritti da Liver e articoli che trattano del fegato, oppure contenuti in riviste il cui titolo contiene la parola liver...
Una strategia per raffinare il risultato, delimitando la ricerca a specifici campi, consiste nella qualificazione dei termini immessi.
Per qualificare un termine, è sufficiente farlo seguire dal tag corrispondente al campo di interesse, ponendolo fra parentesi quadre. La lista dei tag è consultabile nell'help: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/pmhelp.html#SearchFieldDescriptionsandTags>.
Esempi:
- liver [au]: si recuperano citazioni di articoli scritti da Liver;
- liver [ti]: si recuperano citazioni di articoli il cui titolo contiene la parola liver;
- liver [so]: si recuperano citazioni di articoli pubblicati su riviste che contengono la parola liver nel titolo.
L'uso degli operatori booleani e di parentesi consente di articolare la ricerca per campi:
Esempi:
- dietrich [au] AND (pancreas [ti] OR liver [ti]): si recuperano riferimenti bibliografici il cui autore sia Dietrich e nel cui titolo compaia almeno una delle due parole cercate.
Dopo aver impostato una strategia di ricerca, è possibile controllare come essa venga interpretata da PubMed attraverso la funzione details, raggiungibile dalla barra orizzontale posta sotto la maschera di ricerca; qui è possibile controllare, modificare o correggere la strategia prima di visualizzare i risultati.
Ricerca per frase: solitamente l'immissione di più termini nella maschera di ricerca viene interpretata da PubMed effettuando una ricerca sui termini singoli, combinandoli con l'operatore AND: se si vuole trovare un risultato come frase, è d’obbligo racchiudere i termini tra virgolette ("…"), oppure qualificare la stringa con il tag [tw].
Esempio:
- breast tumours: vengono trovati record che contengono entrambe le parole, che possono anche non essere direttamente correlate: per esempio uno studio sulla ghiandola mammaria di una donna in fase di allattamento, colpita da tumore al fegato.
- "breast tumours" o breast tumours [tw]: in questo caso i risultati contengono la frase "tumore alla mammella".
Ricerca per titolo di rivista: inserendo il titolo di una rivista (esatto o in forma abbreviata) nella maschera di ricerca, solitamente PubMed riconosce il titolo; per escludere la ricerca di eventuali equivalenti verbali in altri campi, si può qualificare la stringa facendola seguire dal tag [ta].
Esempio:
- Cell: la parola "cellula" viene cercata in tutti i campi.
- Cell [ta]: le citazioni trovate provengono esclusivamente dalla rivista "Cell".
Un servizio utile offerto da PubMed è il Journal database, il cui collegamento si trova sulla homepage, nella barra verticale a sinistra; questo servizio dà informazioni sui periodici presenti in PubMed e su quelli disponibili full text sul sito dell’editore. Dalla maschera di ricerca è possibile cercare un periodico attraverso il titolo esatto o il titolo abbreviato.
Ricerca per autore: il formato con cui deve essere immesso il nome è: cognome + lettera/e iniziale/i del nome, prive di troncamento (es.: Smith F); in questa forma la stringa viene interpretata solo come autore; per maggiore sicurezza si può qualificare la stringa con il tag [au].
Un altro servizio utile, sempre presente sulla barra verticale di sinistra, è il Single citation matcher: una maschera di ricerca provvista di campi formali, utile per rintracciare rapidamente una citazione per la quale si conoscano già i dati precisi del riferimento.
L'uso del linguaggio naturale non controllato nella maschera avvia una ricerca basata sulla presunta presenza del termine immesso in qualsiasi campo dei record; il pregio delle banche dati, come si è già sottolineato, risiede nel lavoro di indicizzazione del contenuto informativo degli articoli condotto da esperti qualificati.
Nel caso di PubMed l'indicizzazione si basa sul tesauro MeSH (Medical Subject Headings), un vocabolario di termini controllati utilizzati per rappresentare in forma sintetica i soggetti dei documenti, costantemente revisionato e aggiornato con l'aggiunta di nuove voci.
Il vocabolario MeSH ha una struttura gerarchica ad albero, con intestazioni e indentature per i soggetti più specifici, che vengono inclusi nei risultati quando si cerca un’intestazione più generale (processo chiamato automatic explosion). Si veda l'esempio:
Face
La ricerca di "face" produrrà risultati estesi anche a riferimenti contenenti le voci specifiche incluse nel concetto di "face".
L’indicizzatore assegna ad ogni articolo una o più intestazioni (headings) fino ad un massimo di 15, il più possibile specifiche; per meglio chiarire il soggetto può aggiungere sottointestazioni (subheadings, qualificazioni delle intestazioni, per specificarne un aspetto: es. surgery, pathology…), termini riferiti all’età del gruppo di popolazione studiata, natura dell’essere studiato (maschio/femmina, uomo/animale), tipologia di pubblicazione (review, clinical trials…).
Sulla barra verticale a sinistra nella homepage di PubMed è presente il collegamento al MeSH database.
Immettendo un termine nel MeSH è possibile controllarlo: se non è presente, vengono proposte voci simili o affini; scelta una voce MeSH vengono presentate tutte le definizioni del concetto, fra le quali è possibile scegliere la più appropriata. Selezionando una voce vengono mostrate le informazioni aggiuntive e i sinonimi, o entry terms, oltre alla struttura ad albero all’interno della quale si trova la voce.
Facendo una ricerca in MeSH è possibile restringere la ricerca selezionando qualificazioni e limiti che chiariscano l'ambito di interesse; altri termini possono essere aggiunti intervenendo direttamente sulla maschera contenente la strategia di ricerca; la maschera in alto ("go"), invece, serve per continuare la ricerca di termini nel MeSH.
Una volta terminata la scelta dei termini appropriati, il bottone "serch PubMed" permette di attivare la ricerca.
History: servizio accessibile dalla barra orizzontale posta sotto la maschera di ricerca. Questa funzione permette di visualizzare le ultime strategie di ricerca (fino a 100), che vengono automaticamente salvate e cancellate dopo otto ore di inattività. Le ricerche vengono archiviate con un numero progressivo, preceduto da cancelletto (#). È possibile combinare con gli operatori booleani le strategie di ricerca scegliendole nella history: nella maschera si deve riportare il simbolo di cancelletto seguito dal numero relativo alla ricerca scelta (es.: #5 AND #2).
Clipboard: servizio accessibile dalla barra orizzontale posta sotto la maschera di ricerca. In questo spazio è possibile depositare temporaneamente le citazioni utili trovate, fino ad un massimo di 500: la clipboard si svuota dopo otto ore di inattività. Per aggiungere le citazioni, dopo aver scelto il formato, è necessario selezionare tutte quelle che interessano dall’ultima azione, scegliere "clipboard" dal menu e premere il bottone "send to"; se non vengono selezionate singole citazioni, vengono aggiunte tutte.
Cubby: spazio personale, accessibile dalla barra verticale sulla sinistra, in cui è possibile immagazzinare ricerche effettuate frequentemente (fino a 100), che si possono riutilizzare in futuro. Per accedere al servizio occorre registrarsi; per uscire dal cubby si deve selezionare il comando LogOut; aperto, il cubby resta attivo per 12 ore.
PubMed tutorial
Guida ufficiale di PubMed, accessibile direttamente dalla sua homepage. Si tratta di un tutorial interattivo, strutturato in otto moduli, completo e molto approfondito anche se alquanto complesso come prima base introduttiva per la conoscenza di PubMed; è possibile seguire il percorso proposto oppure scegliere uno specifico argomento.
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_tutorial/m1001.html
Welcome to our PubMed tutorial! -- University of Florida. Health science center library
Tutorial realizzato dalla University of Florida, dedicato all'insegnamento delle strategie di ricerca in PubMed, allo scopo di ottimizzarle e affinarle.
http://www.library.health.ufl.edu/pubmed/pubmed2/
PubMed in pillole (come imparare a usare MEDLINE in 1 ora o poco più). -- Università degli studi di Roma "La Sapienza". VRD medicina
Breve corso in italiano basato su PubMed on line tutorial della University of Florida, a cura di Carlo Drago e Rita Strazzeri.
http://w3.uniroma1.it/vrd-medicina/Sommario.htm
MeSH Medical Subject Headings / traduzione italiana. -- Istituto Superiore di Sanità (ISS)
Traduzione italiana del MeSH, a cura dell'ISS; l'accesso al tesauro è gratuito, previa registrazione.
http://www.iss.it/sitp/mesh
Dizionario dei termini medici in Internet. -- Pneumonet
Vocabolario on line italiano / inglese, ospitato sul sito Pneumonet.
http://scientifico.pneumonet.it/tradform.asp
BIOME: your guide to Internet resource in the health and life sciences
Motore di ricerca dedicato alla medicina e alle scienze della vita, che permette l'accesso a risorse Internet selezionate da un'équipe di esperti della University of Nottingham Greenfield medical library. Si possono effettuare ricerche libere o per argomento.
http://biome.ac.uk/
Health On the Net foundation (HON). Search for health information you can trust!
Motore di ricerca per parola a cura di Health On the Net foundation, un'organizzazione non governativa svizzera che si propone di diffondere l'informazione medica on line fra i professionisti del settore e coloro che non appartengono all'ambito sanitario.
http://www.hon.ch/HomePage/Home-Page.html
Scirus: for scientific information only
Motore di ricerca per parola specializzato nell'informazione scientifica di qualità; Scirus copre una selezione di oltre 167 milioni di pagine web di ambito scientifico e integra la ricerca sul web con la ricerca su basi dati specializzate accessibili gratuitamente on line, indicizzando, in particolare, citazioni provenienti da MEDLINE, articoli a testo pieno presenti negli archivi ScienceDirect e BioMedical Central, e-prints depositati in ArXiv e in CogPrints, brevetti dello United States Patents Office (USPTO).
http://www.scirus.com/srsapp/
Banche dati per la medicina / Antonella De Robbio
Accurata e ampia selezione di banche dati biomediche, risorse e metarisorse, e-print server per la biomedicina, corredata di articoli su MEDLINE e sulla National Library of Medicine (NLM) e suggerimenti per la ricerca in una base dati. A cura di Antonella De Robbio.
http://www.math.unipd.it/~adr/database/mediche.htm [Aggiornamento:
febbraio 2002].
Piramide: l'emeroteca virtuale dei periodici indicizzati da PubMed
presenti nelle biblioteche italiane. -- Istituto Superiore di Sanità (ISS)
Piramide (Periodici In Rete dell' Area Medica Indicizzati e Descritti) è una base dati sviluppata dall'ISS, che permette di cercare un periodico biomedico indicizzato in PubMed verificandone la presenza nel catalogo dell'ISS e nel catalogo italiano dei periodici (ACNP), e di visualizzarne l'eventuale versione elettronica. Nel caso in cui il periodico non sia reperibile, è possibile ordinare un articolo alla National Library of Medicine attraverso Docline, un servizio a pagamento di fornitura degli articoli su richiesta (DD, document delivery).
http://www.iss.it/sitp/pubm/Scripts/Rice.asp
RIBit: riviste biomediche italiane
http://www.bs.izs.it/page_servizi-biblioteca-bd-Ribit.htm
BIBit: bibliografia biomedica italiana
http://www.bs.izs.it/page_servizi-biblioteca-bd-BIBIT.htm
Due banche dati nate nell'ambito di un progetto finanziato dal Ministero della salute in collaborazione con alcuni istituti zooprofilattici, aziende ospedaliere e università italiane. L'obiettivo del progetto
è la diffusione dell'informazione in materia sanitaria, veterinaria e zootecnica sul territorio nazionale, promuovendo l'accessibilità anche alla letteratura italiana periodica esclusa dall'indicizzazione nelle banche dati internazionali.
RIBit contiene record bibliografici di periodici italiani di biomedicina, medicina clinica e sociale, psicologia, farmacologia, infermieristica, medicina veterinaria, zootecnia, correnti dal 1995 (circa 1300 titoli) e completi della loro localizzazione sul territorio nazionale. I record sono collegati ad ACNP (catalogo italiano dei periodici), per consentire un'ulteriore localizzazione nelle biblioteche italiane, con indicazione del servizio di fornitura di articoli su richiesta (DD, document delivery).
BIBit contiene spogli dei periodici di
RIBit dal 1995 (circa
93 000 record bibliografici di spoglio).
Free medical journals
Repertorio di quasi 1400 periodici elettronici biomedici ad accesso gratuito.
http://www.freemedicaljournals.com/
DOAJ: Directory of Open Access Journals. -- Lund university libraries
Archivio di circa 1350 periodici scientifici disponibili gratuitamente on line.
http://www.doaj.org/