- Gasparo Luigi Oderico: dal 1778 al 1797
- Giuseppe Pezzi: dal 1797 al 1798
- Giovanni Cuneo: dal 1798 al 1803
- Marco Faustino Gagliuffi: dal 1803 al 1805
- Filippo Galea: dal 1805 al 1813
- Giuseppe Vincenzo Airenti: dal 1814 al 1816
- Luigi Cogorno: dal 1816 al 1826
- Giovanni Battista D'Albertis, Domenico M. (Onorio) Remondini e Luigi Gerolamo Wannenes: dal 1826 al 1830 (Wannenes fino al 1831)
- Marco Faustino Gagliuffi: dal 1831 al 1834
- Giovanni Cristoforo Gandolfi: dal 1834 al 1852
- Luigi Giacomo Grassi: dal 1852 al 1857
- Agostino Olivieri: dal 1857 al 1865
- Emanuele Celesia: dal 1865 al 1889
- Achille Neri: dal 1889 al 1892
- Attilio Pagliaini: dal 1893 al 1913
- Carlo Frati: dal 1913 al 1914
- Olindo Guerrini: dal 1914 al 1915
- Adolfo Avetta: dal 1915 al 1916
- Pietro Nurra: dal 1916 al 1941
- Gino Tamburini: dal 1942 al 1950
- Maria Teresa Escoffier: dal 1950 al 1964
- Antonio Tamburini: dal 1964 al 1973
- Giuseppe Dondi: dal 1973 al 1976
- Anna Maria Dall'Orso Bellezza: dal 1976 al 1996
- Maria Sanseverino Costamagna: dal 1996 al 1999
- Roberto Di Carlo: da luglio 1999 al 2004
- Ernesto Bellezza: dal 2004 a giugno 2005
- Giovanna Giacobello Bernard: dal 2006 a ottobre 2008
- Roberto Di Carlo: da novembre 2008 a luglio 2009 (interim)
- Simonetta Buttò: da luglio 2009 a ottobre 2011
- Roberto Di Carlo: da ottobre 2011 (interim)
Fonte: Anna Maria Dall'Orso Bellezza, Titolari della direzione della Biblioteca dell'Università di Genova poi Biblioteca universitaria dal 1778, in: Angela Franca Bellezza, Antonio Tamburini e i cataloghi della Biblioteca universitaria di Genova, Genova: AIB Sezione ligure, 1997, p. 6-8, con integrazioni.